本所於民國八十一年奉准成立，成立之初暫厝於醫學院基醫大樓五樓。隨即於次年喬遷至附設醫院二樓現址，以加強與臨床醫療單位間的合作。本所現有四位專任教師及九位兼任教師，每位老師均具有博士學位。另有一名行政助教，協助辦理本所行政業務。

本所為一跨科系的教學與研究單位，主要的教學研究目標乃是以先進的分子生物學的技術，深入探討生物醫學有關問題的分子機轉。因此，長期以來一直與本院其它系所及附屬醫院各醫療單位的教師、醫師們，在教學與研究上均有相當密切的交流與合作。期能應用基礎生物學的知識，落實於臨床醫學的研究上。

本所的教學及研究設施採開放式的管理。教師及學生可以共同使用所內的所有空間及儀器設備。因而，可以更有效的利用及避免儀器重複購置的浪費。為配合教育部所倡議的終生學習及落實高等教育迴流體系，本所擬自民國八十八年招收在職進修碩士專班，以提供在職人員進修分子生物學及分子醫學的管道。本所切盼與國內、外臨床醫療學界及其它生物醫學領域的學者有更密切的合作，共謀國內生物醫學的進步。