重視社團活動是台大的一項優良傳統,本院秉持這樣的傳統,自日治時代起師生即積極參與社團活動,光復後,各項社團活動亦非常踴躍,提供學生一個舒展身心、運動交流、提昇人才素養及一探藝術殿堂奧妙的捷徑。

除了以各系所為主的各系學會、研究生互助會外,本院學生社會服務性社團(學生社會服務團、漁服醫療服務隊等),亦為一個常態性社團,每年寒暑假的醫療服務成為該團的活動之一。傳統醫學研究社則以建立完整的針灸治療評估,並能服務礦區山地的鄉民,成績卓著。

在藝文社團方面,主要包音樂演出活動為主的杏林弦樂團、合唱團;醫學院自然保育社、繪畫與美學的綠野社、杏林浪漫搖滾社、強調人文精神的文學創作社,以及以攝影為主的醫影社。

此外,在宗教勵志社團方面包括晨曦佛學社(醫法分部)及醫心社。體育社團方面包括足球隊、桌球隊、網球社、田徑隊、合氣道社、籃球社、棒球社、羽毛球社、橄欖球隊等等。

本院學生在上述多采多姿的社團生活中,為平日沉重的課業增添不少色彩,透過這些社團活動,不僅找到自我,同時也觸及另一種醫學教育面,身心所感受,皆是醫學教育本質對生命的一種理想與期許。

本院與學生相關事務,諸如課外活動,各項獎學金申請案及學生生活輔導等皆由學生事務分處負責執行與協調。