本院之教育宗旨為:培育良醫,授予現代之醫學知識與觀念,以改進人類健康;培養醫學專才及科學家,使之成為醫學及衛生科學師資及研究者;推動生物醫學及衛生科學之研究,以解決本國之衛生問題及增進生物醫學的基本知識。

  依據上述宗旨,本院的教育目標為:培育能夠適應21世紀我國社會需求的優秀專業醫事人員,養成我國新一代的領導人物、研究人才與教育家,以帶動我國醫學教育的改進,及學術研究和醫療的發展。

  本院自1992年開始逐步推展大學部教育改革,以全人教育與專業教育並重為施教原則,同時兼顧人格性情的陶冶,專業技術的訓練,與創新研發的能力。在全人教育方面,經由通識課程的改進及傳統學風的發揚,讓學生涵養氣質情操,開拓心性智慧,養成宏觀視野及前瞻眼光,成為具有中心信念及行事準則,並且能夠帶動組織成長的人才。在專業教育方面,經由新課程及小班教學的推展,讓學生養成主動學習的習慣,建立科學的態度、遵循科學的方法,成為能夠發掘新知、處理新知、解決問題、具備獨立思考與創新能力的醫療專業人才。此外,醫學系自1998年開始試辦「二階段學程」,經由床邊醫療與高科技診療並重,以病患整體照顧為導向的臨床訓練,達成醫學教育目標,並改進附設醫院的住院醫師訓練,期使受訓者完成本學程後,具備熟悉基本診療技能、終身學習、應用醫學科學新知識、團隊合作精神、提早獨立,提供整體性人性化的病患照顧等能力。

  本院各研究所的任務是開拓醫學科學知識、培養醫學研究人才、提高醫學學術水準。本院經由提供適當的環境,建立良好的制度,使

研究所學生能在其學習領域中充分發展,培養獨立研究的能力,並在指導教授的帶領下,不斷自我充實,帶動校園學術研究風氣。

  配合教育部推動研究型大學整合計畫,提昇臺大醫學校區研究以達國際一流水準,本院特在200210月正式成立臺大基因體醫學研究中心,建立蛋白質體、基因微陣列、感染症基因體、組織庫、基因轉殖動物、族群多樣性、生物資訊學等七個核心實驗室,協助同仁進行基因體醫學相關研究。2005年底該中心配合校方政策,改名為基因體醫學組,與癌症醫學組、感染症醫學組,同隸於「醫學卓越研究中心」-2010更名為「基因體醫學研究中心」,進行相關領域之研究。

  為了達成教育目標,本院在行政方面作了必要的調整,1992年改組教務分處,分為課務、成績及教學股,並於附設醫院成立教學室;1993年成立全院性的課程委員會及教學發展委員會;1995年將教務分處的教學股獨立出來成為共同教育室;1996年起共同教育室依業務推展需求,依序再分為教學組、規劃組、推廣組,1998年起增設評鑑組,2007年分組為小班教學組、課程整合組、研習規劃組、教學評鑑組及共同教育組,2010年更名為「共同教育及教師培訓中心」,並受教學發展委員會協助,而教務分處則有課程委員會來協助,附設醫院之教學室有臨床醫學教育委員會督促。1997年醫學系以任務編組開始成立,定期召開醫學系系務推動會議,積極推展系務工作;1998年起招募醫學系行政助教,協助執行二階段學程,並舉辦青年學者獎、最佳教師、主治醫師及住院醫師獎選拔、杜鵑花節、導師營、醫學系撥穗典禮……等活動,均深獲好評;此外並於200012月正式成立醫學系辦公室,以期為醫學系師生提供更完善的服務。​